Militant de l’aile gauche de la IIe Internationale, ses positions le rapprochent de Rosa Luxemburg. Son courant de pensée a été appelé « Gauche germano-hollandaise »1.
Opposant résolu à la Première Guerre mondiale, il rejoint dès 1919 la IIIe Internationale, dont il est exclu en 1921 en raison de ses positions de « communiste de gauche » et de son opposition à l’autoritarisme de Lénine.
Conseilliste, il rejette le stalinisme dès son apparition, comprenant d’emblée que ce courant n’a plus de rapport avec le marxisme. Il considère le régime de l’URSS non comme une forme de socialisme, même déformée, mais comme un capitalisme d’État. Il estime, comme Karl Marx et Rosa Luxemburg, que le communisme ne peut résulter que d’un processus révolutionnaire, aboutissant à un accroissement considérable de la démocratie et à la collectivisation des moyens de production.
En 1938 il publie Lénine comme philosophe sous le nom de John Harper. Pendant la Seconde Guerre mondiale il rédige son ouvrage majeur, Les Conseils ouvriers, publié en 1946 en deux parties sous le pseudonyme de P. Aartsz. En 1944, alors qu’il rédige cet ouvrage, la plus grande partie de ses archives brûle lors de la bataille d’Arnhem. Pannekoek restera fidèle à ses convictions et correspondra par exemple avec Cornelius Castoriadis2. Son autobiographie Souvenirs est parue 22 ans plus tard aux Pays-Bas.
Il a suivi des études scientifiques, obtenant son doctorat en 1902. Professeur au sein de l’université d’Amsterdam, il y a fondé un institut d’astronomie qui porte aujourd’hui son nom3. Docteur honoris causa de l’université Harvard, il a reçu en 1951 la médaille d’or de la Royal Astronomical Society. Un cratère lunaire de 71 km de diamètre porte son nom, ainsi que l’astéroïde (2378) Pannekoek. Il est également l’auteur d’une Histoire de l’astronomie, publiée en néerlandais puis traduite en anglais.